Аспірантура та докторантура в університеті функціонують з 1963 р. Подільський державний аграрно-технічний університет відомий багатьма вченими, які у різні роки працювали у ньому та стали засновниками наукових шкіл: Бахмат М.І.(доктор с.-г. наук, професор), Овчарук В.І. (доктор с.-г. наук, професор), Ковтуник І.М. (доктор с.-г. наук, професор), Цвігун А.Т. (доктор с.-г. наук, професор), Шелудченко Б.А.(професор), Каденюк О.С. (доктор історичних наук, професор), Водяник І.І. (доктор тех. наук, професор), ЛотоцькийІ.І. (доктор ек. наук, професор), Доманчук Д.П. (доктор ек. наук, професор), Шевчук В.К. (доктор с.-г. наук, професор), Жоль К.К.(доктор філос. наук, професор), Самокиш М.І.(професор), Саблук П.Т. (доктор ек. наук, професор),Макрушин М.М. (доктор с.-г. наук, професор), Яблонський В.А. (доктор біол. наук, професор), Якименко А.С. (доктор с.-г. наук, професор), Алексеєва О.С. (доктор с.-г. наук, професор), Назаренко І.І. (доктор с.-г. наук, професор), Сербін С.С. (доктор біол. наук, професор), Суботін В.М. (доктор вет. наук, професор), Степанов Д.Т. (доктор с.-г. наук, професор), Усик Г.Є. (доктор с.-г. наук, професор), Ступаков В.П. (доктор с.-г. наук, професор), Задерій І.І. (доктор с.-г. наук, професор).
Ці наукові школи та їх послідовники продовжують працювати над актуальними питаннями науки відповідних спеціальностей і успішно готують науково-педагогічні і наукові кадри. Університет має достатню матеріально-технічну базу для проведення наукових досліджень та підготовки науково-педагогічних і наукових кадрів.
Підготовка науково-педагогічних і наукових кадрів
До аспірантури на конкурсній основі приймаються особи, які мають вищу освіту і кваліфікацію спеціаліста або магістра. На клінічні кафедри до аспірантури приймаються особи, які на час вступу мають не менше двох років стажу роботи лікарем. Підготовка в аспірантурі здійснюється за рахунок:
- коштів Державного бюджету України
- за державним замовленням для роботи у державному секторі народного господарства.
- коштів юридичних та фізичних осіб
- на умовах контракту - для роботи у державному і недержавному секторах народного господарства.
Факультети та інститути університету готують аспірантів за такими спеціальностями:
03.00.16 "Екологія с.-г. наук"
05.05.11 "Машини і з-би мех. с-г. виробництва"
05.22.02 "Автомобілі і трактори"
06.01.01 "Загальне землеробство"
06.01.03 "Агрогрунтознавство і агрофізика"
06.01.05 "Селекція рослин"
06.01.06 "Овочівництво"
06.01.09 "Рослинництво"
06.01.11 "Фітопатологія"
06.01.12 "Кормовиробництво і луківництво"
06.02.1 "Розведення та селекція тварин"
06.02.1 "Годівля тварин і технологія кормів"
06.02.04 "Технологія виробництва продуктів тваринництва"
08.06.04 "Економіка та управління підприємствами"
08.00.03 "Економіка та управління національним господарством"
08.00.09 "Бух. облік, аналіз і аудит"
16.00.02 "Патологія, онкологія і морфологія тварин"
16.00.07 "Ветеринарне акушерство"
Докторантура
В університеті докторантура відкрита по таким спеціальностям:
06.01.09 -рослинництво;
08.06.01 - економіка підприємства і організація виробництва