Підґрунтям для виконання програм наукових досліджень виступають теоретичні положення 22 наукових школи університету.
Найбільш визначними серед них є:
-наукова школа з питань розробки науково-технічної програми зональної екологічно-безпечної системи виробництва високобілкових кормів, яку очолює доктор с.-г. наук, професор, академік АНВО УкраїниБахмат М.І. розроблені нею та її учнями концептуальні положення є передумовою для забезпечення і одержання з 1га посівів 7-9т кормових одиниць і 1,0-1,4т білка;
-наукова школа з проблем розробки програми освоєння комплексної системи виробництва овочевих культур, плодів і ягід із застосуванням ресурсо-енергозберігаючої технології виробництва, очолювана докторомс.-г. наук, професором, академіком АНВО України, заслуженим діячем науки і техніки України Овчаруком В.І.;